中心实行新的管理模式和运行机制，建立由东南大学牵头、各单位参与的新型建筑工业化协同创新中心（以下简称协同创新中心）理事会，中心在理事会领导下开展各项工作。

理事会是中心的领导机构，负责中心重要事务的决策，负责指导建立咨询委员会、学术委员会、执行委员会和评价委员会，制定各委员会遴选章程和考核章程；确定协同创新中心及下属创新平台和技术中心的人员规模和经费预算；在人员聘用与考核、薪酬分配、团队建设等方面采用具有国际竞争力的、独立的运行机制。

咨询委员会对中心发展重大问题进行咨询论证，对相应的成果从技术、市场和政策三个层面进行科学评判，并为中心的科学发展提供决策参考等。

学术委员会负责研究与掌握相关学科技术现状和国内外发展动向，对学科发展方向、途径以及研究方向等提出建议；审议科研和工程工作的进展；组织多样性的学术活动，促进国内外学术交流等。

执行委员会负责承担创新中心行政管理工作的责任，包括中心内部组织、人员聘用、财务管理等日常工作，管理整个科研工作的日常进展。

评价委员会负责对中心工作的考核评价和对人员工作成绩的认定。

平台首席科学家在执行委员会指导下负责各重点任务的具体执行。平台首席科学家在执行委员会指导下，以超前性重点任务为驱动，遴选平台下各个技术中心的负责人。在平台首席科学家指导下，技术中心负责人提出人员需求，组建技术创新项目团队。

 平台首席科学家可以提出人员岗位需求，在执行委员会指导下提出人员聘任标准，进行新聘各类人员的聘任与定级。

图1： 工作人员团队