东南大学市政工程学科的历史可追溯到20世纪20年代国立东南大学时的市政门。上世纪40年代，中央大学在土木系增设市政工程前身——卫生工程组。70年代末，东南大学又是国家教委所属第一批最早创办市政工程衍生专业-环境工程本科专业的院校之一。2000年，我校土木工程独得一级学科博士学位授予权，本学科随之成为全国不多的同时具有市政工程硕士、博士学位授予点和博士后流动站的学科之一。
综观我校的历史，从1892年创办三江优级师范学堂开始。1921年6月，正式定名为国立东南大学。翌年郭秉文校长聘请茅以升教授为工科主任。当时的工科仅有机械工程系。1923年3月，茅以升会同工科李世等七位教授联名向校评议会、教授会提出增设土木工程系与电机工程系的议案。议案指出：“土木系为工科之主干，凡有工科之学校无不以土木为先务，今本校已有机械系，则土木系之添设更刻不容缓”；“土木系之建筑营造、道路市政各组，均为国内急需”。市政门由此成立，其隶属于土木工程系。土木系下设还有另外三个门，即土木建筑门、营造门和道路门。
当时的教学计划和课程计划是以美国工科土木系的计划为蓝本的，实行通才教育和着重培养学生的工程实践能力。土木系的国文、英文、微积分、物理等基础课程，由学校统一安排。土木系必修课有工程画图，测量（平面测量、地形测量、大地测量），力学（应用力学、材料力学、水力学），工程材料，地质学，结构学（结构力学），铁骨混凝土工程，道路工程，给水工程，下水道工程等课。土木系在高年级即分设市政门、土木建筑门、营造门和道路门，以适应社会对人才的需求。选择市政门的学生，其专业必修课有市政工程、城市计划等课程。必修课中设有经济学、会计学、工程管理等课，注意培养学生的经济观念和管理能力。此外，尚有多种“计划课”，相当于现在的课程设计。
1939年中央大学建立工学研究所，下设土木工程、机械工程、电机工程三个部。土木工程部又分结构工程和水利工程两个组。1941年水利组划归水利系，并增设道路工程和卫生工程两个组，至此，卫生工作组建立起来了。
自中央大学以来，土木系的教学计划和课程设置，变动不大。一、二年级授基础课，如国文、英文、微积分、物理、化学、制图、测量、应用力学、材料力学、工程材料、工程地质及机动学、热机学等。三年级“授本系之专门学术”，如结构学（结构力学）、铁骨混凝土结构、道路工学、铁道建筑、河工学、大地测量等。四年级“依学生志趣，分门专攻，以养成终生事业”，卫生工作组有给水处理、卫生工程、环境卫生、暖气与通风、都市计划、污水处理、公共卫生行政、高等水力学、水利机械等课程。当时的教学偏重于应用及学生能力的训练和培养，如测量课不仅有平面测量、地形测量、大地测量等课及平时的实习，三年级下学期还要集中四周进行野外实习。高年级的各种“计划课”很多，每天下午几乎都排满了，如建筑工程设计、给水工程设计、污水工程设计、混凝土工程设计、水利工程设计等。课程分必修、必选和选修课三类，学生在修足必修及必选各课外，尚须选修一定学分的选修课后才能毕业。多数课程都规定有先修课，先修课不及格者，不得选修后续课程，故学生不能如期毕业以及中途退学者甚为普遍，淘汰率较高。这同时也激发了学生进取向上的精神。至今尤为许多老校友所乐道。
自1923年以来，土木系的实验室和设备建臻完善。1943年，中央卫生实验院负责人过祖源先生与中大土木系联系后，在四年级开设卫生工程课目，选修者都给予奖学金。同年下半年，实验院开办了卫生工程研究班，中大选读卫生工程毕业生均转入研究班（张兆名、袁荣庆、彭瑞、张报先、王启环、王铎、蔣毓龙等七位），同期进入研究班的还有胡家骏等四人。课程有十余门，工程类课目外，公共卫生课目为主。
1947年得到当时中央卫生实验院的协助，建立了卫生工程实验室。卫生工程实验室主要面向教学，可进行各种水处理的分析和监测。“实验室从各式水样中检验其卫生细菌，及各种物质之性质，此外水质分析及给水处理亦在本室范围之内。”实验室共有分析天平、分析砝码、铜制蒸馏器、干燥炉、氢离子浓度器、氮素整流器、比重计、抽吸机、小型净水厂及附件全套、冰箱、消毒器、安氏消毒器、干燥缸、殷氏锥、培养箱等器材。 据相关历史数据记载，我国水处理界泰门许保玖先生曾于1945年至1946年在此任教。胡家俊先生在当时系主任沙玉清季梁治名教授的推荐下于1948年来我校卫生工作组任教。蔣毓龙先生、临挺泉先生、屠人俊先生等曾是中央大学土木系卫生工作组早期学员。
1950年7月，中央人民卫生部为培养卫生工程人才，计划开办两种卫生工作班，因无自办条件，请教育部委托我校土木系代为开办。这两种卫生工程班是两年制卫生工程专修科和四年制大学卫生工程。
1951年9月，西北军政委员会财政经济委员会为培养西北市政建设干部，委托我校代办市政建设训练班。
1952年开始全面学习苏联，按苏联模式建立专业，成立教研组，制定各专业教学计划及每门课的教学大纲，南工土木系不再设立卫生工程选课，从此撤去卫生工程组。
直至1979年成立市政工程衍生专业环境工程专业，并于1982年开始招生。经过20多年，学科不断发展壮大。2000年，批准设立市政工程博士点及环境工程博士点。2002年，我校给水排水工程本科专业重新招生。2004年9月13日，市政工程系正式成立，随后于 10月9日正式下文成立我校市政工程研究所。
历史总是不断的奔腾向前，东南大学的市政工程学科，也将同中国历史一样，前程似锦，福泽绵长，不断谱写新的篇章。让我们与全校师生一样，严谨、求实、团结、奋进、止淤至善，努力拼搏、不断进取、开拓创新，为市政工程学科的振兴，为人类的未来，人民的幸福与福祉不断作出新的贡献。
