东南大学市政工程系与南京市环境保护科学研究院于2008年9月共同建成的南京市水处理与生态修复工程技术研究中心已于近日正式挂牌成立，该中心按照国内一流的标准建设，配备了一流的硬件设施和工作环境，是集科研与开发于一体的废水处理技术研发基地。

目前中心已经开展的科研方向主要包括：分散式污水处理及回用技术，重金属土壤污染修复技术，难降解废水处理技术，雨水收集处理利用技术。